薄層色譜掃描儀是對薄層色譜進行定量檢測分析的儀器，當前市場上有兩類薄層色譜掃描儀：
是一種全波長掃描儀，提供波長200-800nm范圍的可選波長，通過檢測樣品對光的吸收強弱確定物質含量。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產生的熒光強度，從而進行特異性檢測。
傳統掃描儀的掃描方式分為：單光束掃描、雙光束掃描和雙波長掃描。
單光束掃描：采用單一光束（即單一波長掃描），其結果就是上圖中一特定波長條件下的單條曲線。儀器結構簡單，但是基線不穩，實際中很少使用。
雙光束掃描：采用同一波長的兩個光束同步掃描，一個光束掃描樣品展開通道，另一個光束掃描樣品通道旁邊的區域，這樣就可扣除吸收，部分消除薄層板展開方向鋪板不均勻產生的誤差。但是無法消除垂于展開方向鋪板不均勻產生的誤差。
雙波長掃描：兩個不同波長的光束交替掃描樣品展開的通道區域，波長選擇時，一個波長為樣品吸收位置，另一是吸收極小值位置。如上圖所示，如檢測目標為3（則吸收峰為290nm，極小值可選200nm、260nm或325nm）。這種方法可基本消除鋪板不均產生的誤差，因此掃描基線很穩定。
以上各種掃描方式中，根據光源大小（掃描精度）不同可分為直線掃描和鋸齒掃描。
